La saison deux de Stargate Universe contine son avancée sur la mythologie de la série, donnant aux téléspectateurs de nouvelles suppositions quant au mystère du lancement du Destinée, fait par les Anciens il y a des millions d'années. Parmi les suppositions, le fait que le Destinée a réellement une destination si importante qu'elle éclipse le désir de l'équipage de retourner sur Terre, et qu'en continuant vers cette destination,cela pourrait leur permettre de retourner sur Terre. Un autre dispositif de la saison deux est une énorme bataille dans l'espace comportant une armada des vaisseaux spatiaux aliens, et une bataille vers une planète dans l'épisode de mi-saison Confrontation, 1re partie.[7] De plus, la saison deux voit apparaître des acteurs de Stargate SG-1 et de Stargate Atlantis, dont David Hewlett et Robert Picardo.[8] Les personnages d'Atlantis apparaissent dans le crossover de l'épisode 15 nommé Passage en force, mais où l'on ne sait pas de ce qu'il est advenu de la cité après l'épisode final L'Empire contre-attaque.[9]
Le comportement de plus en plus étrange de Chloe pousse l'équipage à penser qu'elle pourrait se trouver sous influence alien. Eli retourne chez lui lorsqu'il apprend que sa mère est tombée malade, pendant que Camile découvre que Sharon fait face aux difficultés depuis qu'elle n'est plus là.
Une vision récurrente dans laquelle le colonelYoung voit le Destinée attaqué et détruit fait croire à ce dernier qu'il est peut-être en train de perdre la tête.
Des membres de l'équipage qui avaient été laissé dans une autre galaxie font un retour fracassant à bord du Destinée tandis que Chloe fait face aux conséquences inévitables liées à sa transformation.
Alors que le Destinée fait face à une flotte de drones, l'équipage est surpris par l'arrivée d'un vieil ennemi. Chloe fait face à ses anciens ravisseurs quand l'équipage décide de la leur remettre.
Rush exprime son inquiétude quand la Terre approuve le projet d'Eli consistant à appeler la Porte des étoiles depuis l'intérieur d'une étoile — inquiétude qui s'avère justifiée quand un double de lui-même venant du futur apparait avec un sérieux avertissement.
Au moment où le Destinée se retrouve encerclé par des vaisseaux drones sans échappatoire possible, l'équipage doit prendre une décision sous peine de se retrouver pour toujours à la dérive.
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